咖啡鹼是茶葉中的主要嘌呤鹼，是構成茶湯的重要滋味物質，與普洱茶品質呈正相關，相關係數為O．879。生普洱茶的咖啡鹼含量在乾濕倉的貯存過程中變化趨勢相反。
干倉中呈減少趨勢，分別由貯存前的3．36％(生散茶即曬青茶)、3．23％(生餅茶即曬青茶蒸壓而成的普洱青餅)減至2年期的3．28％和3．13％；
而其在濕倉中則呈現波動性的增加，至2年期時分別增至3．98％和3．91％，增幅達6．55％、21．05％，這與渥堆發酵熟普洱茶加工過程中的咖啡鹼含量增加相似。
經渥堆發酵的熟普洱茶，不論在干倉貯存還是在濕倉中貯存，其咖啡鹼含量均呈波動性增加，由貯存前的3．63％(熟散茶)、3．53％(熟餅茶)分別增至2年期的3．78％(干倉熟普洱散茶)、3．87％(濕倉熟普洱散茶)和3．96％(干倉熟普洱餅茶)、3．76％(濕倉熟普洱餅茶)。
這具體的增加機理尚不清楚，還有待於進一步的研究，但這似乎在暗示着茶葉長期含有高水分進而有相關的微生物繁衍後，就能促進茶葉中咖啡鹼的合成及其量的增加，並且這一反應還可在後續水分較少的情況下得以保持。
這就是經渥堆發酵或生普洱茶經濕倉貯存陳化而成的熟普洱茶，其茶湯有較明顯苦味的原因所在。
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